Можно ли создать отдельный jython (jar), включая пакеты jython (pynum, python-excel, ...)?
Да. Jython FAQ по распространению .По сути, вам просто нужно иметь каталог / Lib внутри Jython jar.Вы можете добавлять туда модули - до тех пор, пока они совместимы с Jython (то есть без встроенной части).