Добавьте два заполнителя («JsPlaceholder» и «CSSPlaceholder») к заголовку на главной странице и вызовите эти методы:
public void AddJavascriptFile(string path)
{
PlaceHolder p = (PlaceHolder)Page.Header.FindControl("JsPlaceholder");
p.Controls.Add(new LiteralControl(string.Concat("<script type='text/javascript' src='", path, "'></script>\n")));
}
public void AddCssFile(string urlPath)
{
HtmlLink cssLink = new HtmlLink();
cssLink.Href = path;
cssLink.Attributes.Add("rel", "stylesheet");
cssLink.Attributes.Add("type", "text/css");
PlaceHolder p = (PlaceHolder)Page.Header.FindControl("CssPlaceholder");
p.Controls.Add(cssLink);
}