Я не уверен, какие из ваших пикселей отличаются, и какие именно различия вы ищете, поэтому немного сложно помочь.
Отключение всех анимаций и эффектов рабочего стола, конечно же, должно помочь в получении последовательных скриншотов. Я уверен, что можно написать инструмент, который делает это.
Также, как я уверен, вы сохраняете снимки экрана в формате JPEG (или в любом формате с потерями).
Существует также утилита под названием pdiff , которая сравнивает изображения на основе различий восприятия, а не различий на основе прямых значений. Это может помочь вам, в зависимости от того, чего вы на самом деле пытаетесь достичь.