Люди говорят, что «Silverlight - это подмножество WPF» - они имеют в виду, что модель программирования такая же (код + XAML), но Silverlight обычно имеет меньший API / меньше функций, чем WPF.
Я думаю, что хорошим примером было бы создание отражения. В WPF вы можете использовать VisualBrush, но Silverlight не поддерживает его. Тем не менее, вы можете создать тот же эффект, создав 2-й преобразованный элемент. Вы можете в значительной степени выполнить одну и ту же задачу в обеих, хотя для Silverlight вам, возможно, придется выполнить некоторые задачи обработки на сервере.
Выбор платформы зависит в большей степени от того, хотите ли вы настроить веб-развертывание или нет, и, возможно, от производительности.
3D не реализовано в Silverlight 4 (хотя есть и 3D-библиотеки). 3D станет частью Silverlight 5. (Бета-версия появится в ближайшее время, возможно, в MIX и будет выпущена в этом году.)