Теперь я понимаю, вы говорите, что есть изменения как на GitHub, так и локально. Я предполагаю, что ваши локальные изменения зафиксированы - если нет, вы должны либо зафиксировать их, либо выбросить, используя git reset --hard HEAD.
В принципе git pull должен был сместить удаленные изменения и объединить их, но это не работает. Если git жалуется на конфликты слияния, вам следует разрешить их вручную, зафиксировать результат и затем отправить его вверх.
Если что-то незнакомое произошло, вы можете попробовать тот же подход. Сначала возьмите удаленные изменения в ветке удаленного отслеживания (т.е. не в вашем рабочем каталоге), git pull, вероятно, сделает это за вас (используйте gitk --all, чтобы узнать). Если нет, поиграйте с git-fetch, чтобы попытаться получить больше материала). Когда у вас есть то, что вы хотите в удаленной ветви отслеживания, вы можете сделать git merge вручную.
(Извините, если это не очень понятно, но, поскольку я не знаю ваших точных ошибок, я должен догадаться).