Если под ВМ вы подразумеваете виртуальный экземпляр ОС, такой как экземпляр linux, работающий в Xen, VMWare или даже Amazon EC2, то Jira будет работать нормально. Единственное время, когда вам нужно беспокоиться о виртуальных системах, - это если вы делаете что-то, зависящее от аппаратного обеспечения, например, запускаете графические 3D-приложения, или говорите что-то, что использует факс-модем или телефонную карту Digium с Asterisk.