Вы можете
- Избегать использования GroupLayout
- Вместо этого разрешите контентной панели JFrame сохранять свой BorderLayout по умолчанию
- А затем добавьте свою главную JPanel в область контента JFrameв позиции BorderLayout.CENTER.
Пожалуйста, спросите или прокомментируйте, если что-то из этого сбивает с толку или неправильно.