Что вы имеете в виду, изменяя его программно?Если вы хотите дополнить его новыми элементами исходных моделей, вы можете использовать приложение ecore2genmodel (недоступно в Ant);или повторно запустите существующую задачу ant с параметром reconcileGenModel = "reload".
Если вы хотите установить атрибуты genmodel (например, соглашения об именах классов, параметры генерации объектов EMF), я рекомендую устанавливать их вручную.В этом нет никакого вреда, он предназначен для настройки вручную.