Если вы можете сделать ваши узлы и классы ребер сериализуемыми, это будет проще всего. Вам не придется беспокоиться о работе с циклическими ссылками при записи или восстановлении их при чтении; они будут автоматически восстановлены.
Если вы используете символьные данные, вам потребуется уникальный идентификатор для каждого узла, если только вы не гарантированы, что никакие два узла в графе не будут иметь одинаковые данные. Затем вам нужно будет поддерживать таблицу символов для реконструированных узлов при реконструкции графа. Много головных болей бухгалтерии.