Нет даже смысла говорить о «преобразовании» произвольной Java-программы в плагин Eclipse.
Смысл плагина eclipse состоит в том, чтобы предлагать функциональность, которая интегрируется с остальной частью платформы eclipse или использует функции платформы.Таким образом, подключаемые модули eclipse по определению довольно интенсивно используют API-интерфейсы eclipse RCP.
Если функциональность вашей программы поддается интеграции с платформой eclipse, она может быть расширена для этого, и если она получит преимущества от функций платформы, ее можно перенести, чтобы использовать их, а не то, что делалось раньшедобиться того же эффекта.И да, и то, и другое потребует значительных изменений в программе.