Если существующее приложение Java EE не очень маленькое, я бы сказал, что это невозможно и хлопотно.Может быть, с большой работой вы могли бы иметь два сосуществовать в течение дня или двух, но тогда конфликты пути к классам и сервлетов будут вам лучше.
Кроме того, этосильно помешает вашему процессу разработки, два приложения будут мешать друг другу;внезапно каждая выполняемая вами команда grails уничтожает старое приложение Java EE и т. д. и т. д.
Мой совет: просто не делайте этого и найдите другой способ их интеграции.