Для объема данных, который вы планируете обработать, практически не имеет значения, что вы используете.Напишите код, который работает / выглядит хорошо и чем измеряет - если ваше состояние ~ 40K в секунду является разумным, вы вряд ли найдете измеримую разницу между всеми подходами.
XmlSerialization является самым простым в использовании и требует наименьшего количества кодаесли вы можете выбрать формат вашего XML.XmlDocument и XDocument - это концепции более высокого уровня в верхнем XmlReader, поэтому, если вы ищете самую высокую скорость, необработанный XmlReader предоставит вам большинство вариантов.