Для обновления всех категорий с атрибутом is_anchor до 1:
<?php
require_once 'app/Mage.php';
umask(0);
Mage::app()->setCurrentStore(Mage_Core_Model_App::ADMIN_STORE_ID);
ini_set('display_errors', 1);
ini_set('max_execution_time', 600);
$categories = Mage::getModel('catalog/category')->getCollection();
foreach ($categories as $cat){
$_cat = Mage::getModel('catalog/category')->load($cat->getId());
if ($_cat->getData('is_anchor') == 0){
$_cat->setData('is_anchor',1);
$_cat->save();
}
echo $_cat->getName().' '.$_cat->getData('is_anchor').'<br/>';
}