После небольшого беспокойства мне удалось найти решение, надеюсь, это поможет всем, кто сталкивается с той же проблемой:
Когда для рабочей области Aptana установлен родительский каталог проекта, Aptana переименовывает папку проекта в соответствии с именем проекта. Установив рабочую область в другую папку, проект можно переименовать без изменения имени папки на диске.
Я не совсем уверен, почему Aptana делает это, но изменение рабочей области, похоже, решает проблему.