Поскольку вы используете APEX 3.1, есть ли причина, по которой вы можете просто создать ссылку на файл на сервере через APEX (отсюда и веб-сервер) для загрузки файла?
Вы также можете сделать это через пакет UTL_FILE, просто не забудьте запустить CREATE DIRECTORY и сначала предоставить READ для каталога.
Я думаю, что вы также можете открыть файл через java, но только если вы сначала предоставите грант, чтобы разрешить процессу Oracle доступ к каталогам в вашей системе. Это кажется самым сложным методом.