Регулярные выражения отлично подходят для этого.
Чтобы найти все IP-адреса в файле:
$ipPattern = '/(?:25[0-5]|2[0-4]\d|1\d\d|[1-9]\d|\d)(?:[.](?:25[0-5]|2[0-4]\d|1\d\d|[1-9]\d|\d)){3}/';
$ips = array();
preg_match_all($ipPattern, $fileContents, $ips);
$ips = $ips[0];
Чтобы найти все ссылки:
$linkPattern = '/href(\s+)?\=(\s+)?[\'"](.+?)[\'"]/';
$links = array();
preg_match($linkPattern, $fileContents, $links);
$link = $links[3];
Предполагается, что содержимое файла находится в $ fileContents.
Запустите этот код для каждого файла.
Если вам нужно собрать все IP-адреса и домены, вы можете объединить их в большие массивы:
$allIps = array();
$allLinks = array();
// after each run of the above code do:
$allIps = array_merge($allIps, $ips);
$allLinks[] = $link;