Существуют некоторые специальные файловые системы, которые следует избегать копировать с помощью rsync
, например, /proc
, /sys
, /tmp
. Они могут объяснить разницу, которую вы видите, хотя в любом случае она кажется слишком большой.
Там могут быть некоторые нечитаемые каталоги (например, без r
или x
на них). Я не помню, может ли процесс, выполняющийся с правами root
, получать доступ к таким каталогам без предварительного разрешения.
Лучше создавать и сравнивать список файлов и их суммы md5.