Вы продолжаете перезаписывать один и тот же файл в цикле, поэтому «выживет» только последняя строка.
Откройте BufferedWriter вне цикла (один раз!) И закройте его, когда закончите.1004 * Альтернативой может быть открытие в режиме добавления, но даже тогда не открывать один и тот же файл в цикле снова и снова.