Вы должны добавить атрибут заполнения для каждой страны, как эта
iceland: {
name: 'Iceland',
path: ...,
fill: '#eee' //your color
},
И затем в цикле for вы должны добавить этот цвет, чтобы заполнить атрибут вашего объекта
for (var country in paths) {
var obj = r.path(paths[country].path);
obj.attr(attributes).attr({fill:paths[country].fill}); //like this
arr[obj.id] = country;
//your other code here
}
Кроме того, вы должны сделать то же самое в части после наведения в вашем коде, чтобы вернуть атрибут fill к paths[country].fill
.