У меня фактически была такая же проблема с решением обратное .Я обновил проект .NET до .NET 4.0, а затем вернулся к .NET 3.5.App.config в моем проекте продолжал иметь следующее, что вызывало вышеуказанную ошибку в вопросе:
<startup>
<supportedRuntime version="v4.0" sku=".NETFramework,Version=v4.0"/>
</startup>
Решением этой ошибки было возвращение ее к правильной ссылке 2.0 следующим образом:
<startup>
<supportedRuntime version="v2.0.50727"/>
</startup>
Поэтому, если в результате перехода на более раннюю версию возникла вышеуказанная ошибка, вам может потребоваться создать резервную копию поддерживаемой версии .NET Framework.