Я не уверен, правильно ли я понял ваш вопрос, потому что думаю, что тут нечего делать *
Вики-сайты git-hub имеют собственный репозиторий git.
Сделайте git checkout и добавьте файлы, отредактированные в orgmode.
Когда вы будете фиксировать и извлекать их, они будут правильно выводиться в формате HTML.
(Это то, что я сделал для репозитория проекта в git-hub)
Надеюсь, это поможет,
Джереми