Если вы используете MyISAM, вы можете использовать ALTER TABLE Auditable DISABLE KEYS, а затем снова включить ваши ключи (ALTER TABLE AuditTable ENABLE KEYS) после того, как вы закончите вставку. Однако это отключит только неуникальные ключи.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/alter-table.html
Эта функция может быть явно активирована для таблицы MyISAM. ALTER
TABLE ... DISABLE KEYS говорит MySQL прекратить обновление неуникальных индексов
Если у вас есть большие ключи PK / Unique, отбрасывание ключей и добавление их обратно после импорта, вероятно, будет намного быстрее.
Вы также можете попробовать записать свои записи аудита в плоский файл, а затем импортировать их все сразу, используя LOAD DATA INFILE. Опять же, отключение или сброс ваших ключей до ЗАГРУЗКИ ДАННЫХ значительно ускорит процесс.