Многим людям нравится создавать объекты, называемые DAO или объектами доступа к данным, для хранения этого типа информации.
DAO содержит менеджер сущностей и методы, которые можно вызывать и возвращать нужные вам данные.Например, эта функция должна находиться в DAO:
function findEmployeeById($emp_id)
и содержать запрос, используемый для извлечения сотрудника из базы данных.В вашем контроллере вы бы просто использовали DAO вместо менеджера сущностей и работали с ним на этом уровне.
Но это действительно зависит от предпочтений и размера вашего проекта.