Если вы создали какие-либо папки на внешнем хранилище устройства ... вы не сможете вызвать код, когда пользователь удалит ваше приложение. Некоторые вещи удаляются автоматически (базы данных, все, что записано во внутреннее хранилище), но не папки на внешнем хранилище.
РЕДАКТИРОВАТЬ - Как отмечает Стефан, если вы ориентируетесь на API уровня 8 или выше, вы можете использовать Context.getExternalFilesDir () для ваших внешних файлов, и они будут удалены при удалении.