Использование UpdateOperation - это самый простой способ обновить указанные пакеты.
Вы можете указать установленные IU, которые будут обновлены, путем запроса вашего профиля.
IProfile profile = ...;
UpdateOpertation updateOperation = new UpdateOperation(session, profile.query(QueryUtil.ALL_UNITS, null).toSet());
Но не рекомендуется явно обновлять все IU.Лучше всего обновить только корневой IU (всегда это IU продукта или топовая функция).
IProfile profile = ...;
UpdateOpertation updateOperation = new UpdateOperation(session, profile.query(QueryUtil.createIUQuery("theidofmyproductiu"), null).toSet());