Можно ли в любом случае вызвать PHP-скрипт из приложения .Net и передать некоторые параметры?
Вы можете сделать это через вызов командной строки
php your-file.php parameter1 parameter2
Параметры доступны в переменной $_SERVER['argv'].
$_SERVER['argv']
У меня есть взаимодействие с .NET и PHP с использованием веб-сервисов. Вы можете выводить XML из обоих, что означает, что вы можете вызывать каждый путь.
Если у вас установлена среда выполнения PHP, вы все равно можете запустить новый процесс для выполнения сценария.
Посмотрите на класс Process .