Нет способа удалить определенное уведомление с iOS SDK 5.0. Чтобы удалить все уведомления из вашего приложения, чтобы они не отображались в Центре уведомлений, когда пользователь открывает приложение из одного из них, можно установить для значка приложения значение 0, например:
[UIApplication sharedApplication].applicationIconBadgeNumber = 0;
РЕДАКТИРОВАТЬ: на iOS 8 SpringBoard, похоже, автоматически отклоняет уведомление, когда вы нажимаете на него в Центре уведомлений, чтобы открыть приложение.