Вам нужно будет перебирать банки и добавлять их по одному, как вы предлагали. Или вы можете связать банки в один zip-файл и затем использовать метод DistributedCache.addArchiveToClassPath(Path, Configuration)
.
Чтобы проверить, что они были добавлены в путь к классам, попробуйте проверить свойство System java.class.path
в методе настройки маппера / редуктора.