До IIS 7.5 у вас нет.(технически можно, но это глупо).IIS может завершить работу вашего приложения, когда захочет, и когда IIS перезапускается, приложения перезапускаются «лениво» (пока кто-то не откроет страницу вашего веб-приложения, веб-приложение не будет запущено).
ОтIIS 7.5 и выше вы могли , используя Модуль разминки приложений (к сожалению, бета была удалена :-)).С его помощью вы создаете поток, который ждет указанное время и что-то делает.Довольно легко.
«Правильным» решением обычно является создание службы Windows и использование Quartz.Прочитайте, например, Планировщик для ASP.NET?