Предполагая, что вы не можете использовать двойные кавычки вокруг всей команды для ssh, вы можете выделить только $ MY_VAR следующим образом:
ssh -i /ebs/keys/test root@some.ip '/some/command -'"$MY_VAR"
Если остальная часть команды ssh не содержит токенов, которые будут интерпретироваться в двойных кавычках, вы можете заключить всю команду в двойные кавычки вместо одинарных.