Да.
.Net 3.5 в основном занимается переупаковкой и маркетингом. Ядро .Net в .Net 3.5 фактически является .Net 2.0.
Так что любую утилиту, которую вы найдете для .Net 2.0, вы также можете применить к .Net 3.5.
Для NUnit это означает, что вам нужна версия .Net 2.