Вы можете настроить центральный сервер, на который .exe отправляет запросы, чтобы узнать, когда будут доступны обновления.
Я бы порекомендовал вам рассмотреть WCF как основу для вашего решения;Есть много отличных ссылок для фреймворка, а также посты на таких сайтах, как этот.Возможно, вы можете запустить отдельную ветку в вашем приложении, которая проверяет наличие обновлений каждые X минут.
Что касается вашего конкретного вопроса: «Есть ли способ отобразить это сообщение и удалить его из exe удаленно?»это возможно, но более целесообразно заставить программу автоматически запрашивать обновление.
Если вы хотите отключить их для удаленного обновления, вам необходимо знать, где они находятся в сети.Если программа периодически связывается с центральной базой данных, серверу не нужно знать, где находится программа в сети, программа может автоматически обращаться к серверу, где бы он ни находился.