Вам нужно не игнорировать эти папки (поскольку игнорирование означает удаление их из репозитория), а контролировать глубину извлечения.
Вы можете оформить свой корень с помощью - параметр сразу определяет глубину , это будет проверять только подпапки корневого каталога. Затем зайдите внутрь и проделайте то же самое с нужными вам папками или извлеките их из каталога - бесконечность глубины , который вас интересует.
PS
Клиенты с графическим интерфейсом SVN, такие как TortoiseSVN , делают этот процесс более удобным.