Вам не нужно ничего делать. .NET 1.1 не поддерживает запуск управляемого кода в 64-битном режиме. Это не стало доступным до .NET 2.0. Любая сборка EXE, скомпилированная с VS2003, запросит версию CLR 1.1, она автоматически запускает управляемый код в 32-битном режиме.
Точно так же у вас не будет утилиты Corflags.exe. Первоначально он поставлялся с .NET 2.0 SDK, в настоящее время с Windows SDK. Visual Studio 2005 и выше позволяет вам установить бит опции в заголовке cor, которым Corflags.exe манипулирует, позволяя вам выбрать «цель платформы» в опциях проекта.
Не упустите 64-битные машины, на которых не установлен .NET 1.1. Они будут запускать ваше приложение с CLR версии 2, и оно будет работать в 64-битном режиме. UAC, реализованный в Vista и более поздних версиях, также может вызвать проблемы, ваш EXE-файл не будет иметь манифеста, и Windows будет рассматривать его как устаревшую программу. Который может быть очень трудно диагностировать, когда это не работает хорошо. И VS2003 не поддерживается в операционных системах после XP. Существует список дефектов, большинство из которых являются проблемами отладки. Поддержание ваших инструментов в актуальном состоянии с учетом возможностей операционной системы вашего клиента, между прочим, очень важно, 8 лет - это долгие годы собак и программных инструментов.