Убедитесь, что STS работает с правами администратора, чтобы избежать проблем с разрешениями.
В Ubuntu отредактируйте следующую строку в файле запуска STS.desktop:
Exec=gksu /etc/springsource/sts-3.4.0.RELEASE/STS
Полный файл:
[Desktop Entry]
Name=STS
Comment=SpringSource Tool Suite
Exec=gksu /etc/springsource/sts-3.4.0.RELEASE/STS
Icon=/etc/springsource/sts-3.4.0.RELEASE/icon.xpm
StartupNotify=true
Terminal=false
Type=Application
Categories=Development;IDE;Java;