Такая большая разница должна быть из-за настроек оптимизации. Если вы преобразовали свой проект с 2005 по 2008 год, посмотрите на этот вопрос . Я провел несколько тестов для сравнения производительности между VS 2003 и VS 2008, и производительность для моих приложений была примерно одинаковой.
Edit:
У меня была похожая проблема с преобразованием 2003 в 2008. После того, как я поиграл с настройками оптимизации, пытаясь найти лучшую настройку, в определенный момент производительность вернулась к норме. Это было до того, как я осознал вопрос, упомянутый выше. Я не понимал причину, я все еще не понимаю, но я был доволен результатом ... Поэтому единственный совет, который я могу дать, это попытаться изменить настройки оптимизации и протестировать снова.