Поскольку ваш установщик находится на Java, я не вижу причин проверять, работают ли другие установщики, более того, нет надежного способа сделать это.
Пытается ли ваш установщик заменить системные файлы?Не должно.
Ваш установщик пытается обновить используемый файл?Это должно сделать это изящно.И попросить пользователя закрыть оскорбительное приложение;если это невозможно или пользователь не хочет сразу же закрывать приложение, ваш установщик просит пользователя перезагрузить систему после завершения установки.
Слишком много забот, без запуска других установщиков.Вот почему разумнее использовать специализированный инструмент для установки.