Обычно службы работают в UI-Thread.
Но вы упомянули, что вы используете поток в сервисах, это означает, что ваша работа выполняется в фоновом режиме, поэтому нет никакой возможности заблокировать UI-поток.
Я думаю, что вы написали некоторый код из потока для обновления пользовательского интерфейса, и это может блокировать ваш пользовательский интерфейс.
Вы можете использовать AsyncTask
вместо запуска службы и обновления с использованием потока, потому что asynctask делает то же самое, что и фоновый поток.