У вас есть правильная идея, используя $(window).scroll(function(){…});
Вы захотите выяснить Y-координату, при которой вы хотите, чтобы div был невидимым, и рассчитать непрозрачность div из этого.Большую часть времени я бы предположил, что эта максимальная координата Y должна быть такой же, как высота произведенного div.Допустим, наш div имеет высоту 500px.Если div должен иметь непрозрачность 0 при координате Y 500, то при координате 100 100 непрозрачность должна составлять 20% (или 0,2)
Рабочий образец: http://jsfiddle.net/FzNrG/5/
$(window).scroll(function(){
var opacity = 1- ( $(window).scrollTop() / $('#theDiv').height());
if (opacity>1) opacity=1;
if (opacity<0) opacity=0;
//$('#debug').html('ScrollTop:' + $(window).scrollTop() + '<br>Opacity: ' + opacity);
$('#theDiv').stop().fadeTo(250, opacity);
});