В моей установке STS (2.7.2) у меня также есть 2 версии: maven-2.2.1 и 3.0-SNAPSHOT.
Вы можете установить другие версии maven.У меня никогда не было проблем с maven в 2.7.2, связанных с несколькими установками maven.В диалоговом окне Windows-> Настройки-> Maven-> Установки вы можете выбрать, какая установка активна.Это, вероятно, для обеспечения совместимости со старыми проектами.(В теории Maven 3 обратно совместим с Maven 2, но некоторые плагины могут иметь проблемы).
В последней версии 2.8.0 я вижу только встроенную (3.0.2) установку maven.