NSDictionary *options = [NSDictionary dictionaryWithObjectsAndKeys: @"letMeIn", kCGPDFContextOwnerPassword, @"r3adm3", kCGPDFContextUserPassword, nil];
[myPDFDocument writeToFile: @"/some/path" withOptions: options];
См. Документацию CGPDFContext для получения дополнительной информации о параметрах, включая отключение копирования и печати.