.NET Framework 3.5 - это расширенный набор 2.0, поэтому все приложения 2.0 должны работать на 3.5 без изменений. Поскольку это надмножество, нет никакого способа отступить, чтобы не использовать функциональность 3.5, если ваше приложение оказывается на 2.0, но это не имеет смысла в любом случае.
Если вам нужно нацелиться на 2.0, и вы можете написать то, что вам нужно, в 2.0, то это путь, 3.5 все равно будет нормально работать с вашим приложением. По сути, вы должны написать для наименьшего общего знаменателя или включить распространяемые среды выполнения 3.5 вместе с вашим установщиком, чтобы убедиться, что у вашего клиента есть правильная среда для вашего приложения.