Если у вас SdkLinkType = Msdn (см. Свойства вашего проекта SHFB), sandcastle подключается к документации MSDN с помощью веб-службы. Это может нарушить работу в случае проблем с подключением. Вы можете попытаться установить SdkLinkType = None, чтобы отключить создание ссылок MSDN (в этом случае в вашей справке не будет ссылок на MSDN). В моем случае это улучшило мое время сборки в 5 раз (2 минуты вместо 10 минут).