Я только что попробовал это, и это работает для меня. Как выглядит ваш файл?
Мой файл "temp.txt" выглядел так:
а
б
с
д
е
и мой файл python имел этот код:
print file("temp.txt", "r").read().replace("\n", ", ")
Это был мой вывод:
> python temp_read.py
а, б, в, д, е