Я не знаю много о Blackberry, но если они (по крайней мере синтаксически) нормальные исходные файлы Java, вы можете использовать эту команду:
javadoc -d outputdir -sourcepath src my.first.package my.second.package ...
Посмотрите документацию Javadoc для получения дополнительных опций. Возможно, вам нужно добавить jar-файлы библиотеки ежевики с помощью -classpath.