Как уже упоминал Руп в своем комментарии, файл my.cnf содержит только эти несколько строк.Это совершенно нормально, сервер MySQL может запускаться также без какого-либо конфигурационного файла - в этом случае он использует значения по умолчанию и все, что есть в командной строке.Чтобы увидеть, какие файлы конфигурации читает mysqld и какие значения по умолчанию он использует, просто запустите:
mysqld --verbose --help
, и он выдаст отчет, например, такой:
mysqld Ver 5.0.51a-24-log for debian-linux-gnu on x86_64 ((Debian))
Default options are read from the following files in the given order:
/etc/mysql/my.cnf ~/.my.cnf /usr/etc/my.cnf
The following groups are read: mysql_cluster mysqld server mysqld-5.0
Variables (--variable-name=value)
and boolean options {FALSE|TRUE} Value (after reading options)
--------------------------------- -----------------------------
help TRUE
...
wait_timeout 3600
To see what values a running MySQL server is using, type
'mysqladmin variables' instead of 'mysqld --verbose --help'.