Я считаю, что лучше всего делать в таких ситуациях, когда ваш код работает медленно, но вы не знаете, зачем использовать профилировщик, http://www.quest.com/jprobe/software_download.aspx вы можете получить бесплатный след этого профилировщика Java, и он будет построчно сообщайте вам, сколько времени потрачено и сколько раз оно выполнено, и вы сможете точно определить, что именно замедляет ваш код, с помощью этого.
Надеюсь, это поможет, Имон