К сожалению, вы достигли предела, который
R> 2^32
[1] 4294967296
это ваш предел 4 ГБ. Таким образом, вы просто не можете индексировать за для одного приложения , независимо от того, какая ОС.
Это одна из причин, по которой многие из нас перешли на 64-битные версии наших ОС. Linux поддерживает это с конца 1990-х годов. Просто переключитесь на FC (или Ubuntu или ...) в 64-битной версии.
Одной из возможных альтернатив является установка большего количества ОЗУ (которое будет обрабатывать Linux) и сегментирование вашей задачи по нескольким экземплярам приложения, эффективно выполняя ее параллельно. Но это может не стоить хлопот ...