Программа индексатора, поставляемая с sphinx, не является демоном и не будет регулярно запускаться сама по себе. Вместо этого вам нужно использовать программу планирования, чтобы сделать это.
Для большинства разновидностей Unix вы можете просто запустить индексатор с помощью cron.
$ crontab -e
* / 5 * * * * / path / to / sphinx / bin / indexer --rotate --config /home/myuser/sphinx.conf --all