Самое большое отличие состоит в том, что запросы к службе должны быть односторонними (запустить и забыть), потому что нет гарантии, что они будут обработаны на другом конце. Еще одно очевидное отличие заключается в том, что вам необходимо убедиться, что очереди настроены перед использованием.
Проверьте 'Очередь в WCF' на MSDN для получения дополнительной информации.